Para quem não quer abrir mão do Windows Vista e ainda por cima gostaria de usar o Ubuntu num mesmo computador como "dual-boot", pode ter alguns problemas na configuração desses dois sistemas.
Eu precisei fazer isso num laptop que já tinha o Windows Vista instalado e tive alguns problemas pelo fato dele vir com uma partição oculta no início do HD.
O que acontecia? Essa partição serve para que seja feito o "recovery" do computador restaurando os softwares originais que vem no laptop.
Quando deixava o gestor de partições do Ubuntu "tomar conta" da MBR, ele considerava que a partição do Windows Vista já existente, como sendo a oculta e não a correta, que no caso era a segunda partição.
Assim, quando eu tentava entrar no Windows Vista, simplesmente ele não existia.
Por outro lado, o Ubuntu entrava normalmente. Usei o recovery do Windows Vista para recuperar a MBR, porém perdi a entrada para o Ubuntu.
Como realmente precisava dos dois no meu laptop, decidi pesquisar na internet alguma maneira quando achei o Easy BCD.
Ele é um software livre que você instala no Windows Vista e permite a edição das entradas das partições a partir de um interface intuitiva e amigável como pode ser vista na imagem a seguir.

Interface gráfica do Easy BCD
O que eu fiz? Primeiro, na instalação do Ubuntu, ao invés de deixar que o setor de boot seja gravado na MBR eu o defini para ser gravado "no setor de inicialização da própria partição".
Isso pode ser definido na última tela de instalação. Tem um pequeno botão do lado, se não me engano com o label "advanced", no qual você pode definir isso.
Reiniciei o computador e nada de Ubuntu! Claro, o Ubuntu não aparece na listagem porque aquela listagem pertence ao Windows Vista e nada foi alterado.
Mas com o Easy BCD é facil criar um apontamento para aquele setor. Para isso, basta você conhecer que entrada da partição e que disco você instalou o Ubuntu (caso você tenha mais de um HD). No meu caso foi alguma coisa como (hd0,3).
Isso seria, "partição 3 do HD 0".
Depois que você reinicia, seria listado o Ubuntu com o nome que você definiu usando o Easy BCD. Clicando nele, você é redirecionado ao setor de inicialização daquela partição, ou seja, agora o "grub" iniciará o Ubuntu.
Como para cada caso é um caso, e o seu cenário pode ser diferente do meu, não descrevi os passos mais detalhadamente. Mas você pode acessar o site e ver que tem muita informação, ela principalmente nos foruns.
Boa Sorte!!
PS: É fundamental o backup do seus dados antes de tarefas como essa.