Para iniciarmos precisaremos baixar nossos requisitos:
JDK5
Eclipse
Tem duas opções que você pode utilizar
Prefira pela opção all-in-one do WTP ou a última build do PDT
Embora a versão do PDT, PHP Developer Tools, seja desenhada para PHP, ela já tem integrado vários e vários plugins para Desenvolvimento Java. Se precisar das duas linguagens, seria a melhor opção.
Tomcat
Preferi trabalhar com a versão 5.5.25 do Tomcat, se preferir uma mais recente, fique à vontade!
Instalação
Instale o JDK primeiro seguindo as opções padrões de instalação. Depois disso faça o mesmo para a instalação do Apache Tomcat, para o Eclipse, basta descompactá-lo.
Maiores informações sobre configuração do ambiente Java você pode consultar links como esses:
Os dois sites - www.guj.com.br e www.javafree.org - teem um excelente conteúdo a respeito. Aqui apenas duas opções.